Afortunadamente, las heces humanas y animales se encuentran entre las muchas cosas que pueden degradarse. Porque estos fósiles, conocidos como coprolitos, permiten sacar conclusiones sobre lo que, por ejemplo, comían nuestros antepasados hace miles de años y quienes procesaban los alimentos en el intestino. Justin Zonenberg de la Universidad de Stanford y su equipo pudieron examinar desechos humanos de entre 1.000 y 2.000 años del suroeste de Estados Unidos y México, centrándose en el microbioma que todavía se puede analizar en las heces fósiles. Luego, esta flora intestinal se comparó con la que se encuentra en las personas de hoy que llevan vidas muy primitivas como cazadores y recolectores o viven en interiores en sociedades industrializadas. Como escriben en «naturaleza».
Incluso comparar muestras de heces hoy en día de personas que comen caza, bayas, nueces y plantas silvestres con las que comen alimentos procesados muestra grandes diferencias: los cazadores, recolectores o nómadas tienen un microbioma mucho más diverso que los habitantes de las ciudades en los países industrializados. Sin embargo, no está claro en qué medida la flora intestinal de los pueblos primitivos de hoy se diferencia de la de sus antepasados hace miles de años. Esto solo se puede determinar con la ayuda de coprolitos.
Entonces, Meredith Snow de la Universidad de Montana en Missoula rehidrató pequeños trozos de heces fósiles para obtener mejores efectos de las bacterias. En total, el grupo pudo reconstruir aproximadamente 500 genomas microbianos, 181 de los cuales en realidad procedían del intestino. El resto se debe principalmente a las bacterias del suelo que se han introducido en las heces o en ellas. 158 genomas a su vez podrían asignarse a un tipo específico de bacteria intestinal, que Sonnenburg y compañía compararon con 789 microbiomas de personas en la actualidad.
El resultado fue claro: el microbioma fósil se parecía aún más al microbioma de los pescadores de hoy. Pero también contenía 61 genomas que hasta entonces no se conocían científicamente por completo. Aproximadamente el 40 por ciento de la flora intestinal en ese momento no se encontró en las muestras de heces recientes.
Otros datos también muestran que nuestra silla ha cambiado drásticamente a lo largo de los siglos. No es sorprendente que los científicos apenas hayan encontrado genes asociados con la resistencia a los antibióticos. Pero también apenas descubrieron genes para producir proteínas específicas que descomponen los glucanos. Las partículas de azúcar se pueden encontrar en la mucosa intestinal, por ejemplo. Si se destruye o incluso se destruye, conduce a la enfermedad de Crohn, la enfermedad celíaca u otra enfermedad intestinal inflamatoria crónica, que las personas que la padecen sufren mucho.
Al mismo tiempo, muchos microbios fósiles tenían enzimas específicas que les facilitaban la reorganización de sus genomas: por lo que podían reaccionar de manera más flexible a los cambios en el medio ambiente o en la dieta del portador. Aunque hoy podemos contar con una mayor abundancia de alimentos, la dieta de nuestros antepasados era más diversa, al menos en cuanto al microbioma. En el caso específico, la gente de la zona consumía aloe vera y saltamontes además de maíz y frijoles. En general, sus comidas eran ricas en fibra.
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